Il 31 maggio 1859 Varese visse una delle giornate più drammatiche della propria storia risorgimentale. Dopo la partenza di Giuseppe Garibaldi e dei Cacciatori delle Alpi verso Laveno, il feldmaresciallo Karl von Urban riorganizzò le truppe austro-ungariche sconfitte nei giorni precedenti e marciò nuovamente sulla città. Dodicimila uomini, accompagnati da cavalleria e artiglieria, avanzarono verso Varese divisi in due colonne, lungo le strade provenienti da Tradate e Gallarate.
Informato della situazione mentre si trovava ancora a Cittiglio, Garibaldi consigliò agli uomini armati, alle autorità cittadine e a quanti avevano sostenuto l’insurrezione di abbandonare la città e cercare rifugio sui monti. La maggior parte dei varesini trovò riparo al Sacro Monte, in Valganna, in Valcuvia e in Valmarchirolo; alcuni oltrepassarono persino il confine con il Canton Ticino. La mattina del 31 maggio Varese appariva quasi completamente deserta. Prima di lasciare la città, il podestà Carlo Carcano affidò la rappresentanza della comunità al pretore Tullio Sopransi, che si offrì volontariamente di restare.
Alle due del pomeriggio le avanguardie austriache raggiunsero Varese. Karl von Urban stabilì il proprio quartier generale alla villa del Pero, l’attuale Villa Tamagno, imponendo alla città la consegna di ingenti quantità di vettovaglie, tabacco, bestiame e soprattutto il pagamento, entro 24 ore, di un riscatto pari a tre milioni di lire austriache: una cifra enorme, impossibile da raccogliere per una città ormai svuotata. Il pretore Sopransi riuscì a recuperare soltanto 20mila lire e le consegnò personalmente a Urban. Il comandante austriaco, infuriato, ordinò immediatamente di aprire il fuoco contro la città.
Dopo una prima sospensione del bombardamento, Urban restituì perfino la somma raccolta dal pretore, concedendo un ultimo ultimatum: entro mezz’ora sarebbe dovuto arrivare almeno un milione di lire, altrimenti il bombardamento sarebbe ripreso. Ma nella Varese abbandonata nessuno poté rispondere all’appello. Così i cannoni tornarono a tuonare. Sulla città caddero circa 250 proiettili. Furono colpiti il tiburio della basilica di San Vittore, ville, abitazioni private e perfino l’ospedale cittadino, dove erano ricoverati anche soldati austriaci feriti durante la battaglia del 26 maggio.
Bersaglio simbolico dell’attacco fu soprattutto il campanile del Bernascone, “colpevole” di aver suonato a stormo la mattina della battaglia di Biumo. Ancora oggi, osservando le pareti del campanile di San Vittore, è possibile vedere le lesioni provocate dalle cannonate austriache: segni lasciati volutamente visibili anche durante il recente restauro della torre campanaria, memoria concreta di una delle pagine più dolorose del Risorgimento varesino.